En 1944, pour assurer le développement des pêches commerciales, le département des pêcheries du Québec et son sous-ministre le Dr Arthur Labrie, crée, par arrêté ministériel, l'École moyenne des pêcheries. Par la suite, le nouveau ministre de la Chasse et des Pêcheries, Camille-Eugène Pouliot, travaille à l'établissement de ce qui sera appelé l'École d'apprentissage en pêcherie de Grande-Rivière.
Construite en 1947, l'École des pêches est inaugurée et bénie en juin 1948 et dispense ses premiers cours à l'automne 1949. Durant les dix premières années, on y enseigne les différents aspects du secteur des pêches ainsi que des cours de menuiserie, soudure, mécanique et électricité. Répondant au voeu du Dr Pouliot, on y donne des cours en anglais au besoin ainsi qu'un cours d'été en éducation ménagère.
Vers les années 50, la flotte de pêche québécoise se modernise et l'École des pêches doit adapter sa formation. On y enseigne dorénavant des notions de mécanique marine, de montage et de réparation de chalut, de navigation et d'utilisation d'équipement électronique. En 1958, l'école offre un programme régulier de deux ans visant à former des techniciens de "métier en mer" et de "métier à terre".
1965 voit le transfert de l'école du ministère de l'industrie et du Commerce au ministère de l'Éducation. Cette même année, l'École fait construire le chalutier-école E. P. Le Québécois. À la fin des années 60, le Cégep de la Gaspésie et des Îles assume la responsabilité administrative et pédagogique de l'établissement.
En 1977, l'école prend le nom de l'Institut des Pêches du Québec et six ans plus tard, elle reçoit l'accréditation du centre spécialisé qui lui confère un mandat plus large dans la recherche appliquée, l'assistance technique, l'information et l'animation de milieu.
En 1984, un incendie détruit l'école mais les cours se poursuivent dans d'autres locaux durant les deux années que prendra sa reconstruction. En 1999, l'École des pêches fête ses 50 ans d'existence.